洁净工作台是为了适应现代化工业、光电产业、生物制药以及科研试验等领域对局部工作区域洁净度的需求而设计的。其工作原理为：通过风机将空气吸入，级由静压箱通过高效过滤，将过滤后的洁净空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域持续在洁净空气的控制下达到百级洁净度，保证生产对环境洁净度的要求。
无尘车间内使用的洁净工作台的工作原理：室内空气经粗过滤器初滤，由离心风机压入静压箱，再经过高效空气过滤器精滤，由此送出的清净气流从一定的均匀的断面风速通过无菌区，从而形成无尘无菌的高洁净度工作环境，但两种净化台的气流方向不同，侧流式工作台空气净化后的气流从左或右侧通过的工作台面流向对侧，也有从上向下或下向上流向对侧，都能形成气流屏障保持工作区无菌，但在净化气流和外边气体交界处可因气流的流动出现负压，使少许未净化空气混入，有发生污染的可能，测流式净化台结构为封闭，一般仅留两个手臂伸入的圆洞，操作和拿取较大物品不够方便。 外流式（水平式）是使净化后的空气面向操作都流动，因而外方气流不致混入操作区，但如进行有害物质实验操作则对操作者不利。水平式净化工作台工作多为开放时，没有防护档板，虽然操作和拿取物品较为方便，但可能受外界气流的影响而引起不接空气混入。