测土配方施肥项目启动7年来，虽然取得了不少进展，但是农业部种植业管理司司长叶贞琴提出测土配方施肥中需要引起关注的三点主要问题： 一是覆盖面有限。我国测土配方施肥实现了农业行政区域的全覆盖，但在耕地和作物的覆盖面上还远远不够，近7年来测土配方施肥技术主要应用在粮棉油等大宗作物上，在施肥量较大的果树、蔬菜、茶叶等园艺作物上的应用才刚刚起步，需要进一步拓展深化。 二是施肥方式落后。由于农村劳动力短缺，化肥撒施、表施、浅施等粗放施肥方式及施肥“一炮轰”现象还相当普遍，影响着化肥利用率的进一步提高，需要努力加以转变。 三是企业参与不够。在配方肥的生产供应上，各级农业部门联合化肥生产企业进行了很好的探索，积累了很好的经验，但地区间发展不平衡，总体上来说大中型企业参与配方肥生产供应还有发展空间，需要今后加大推进力度。 当然，测土配方施肥关联着土、肥、水等基础资源的科学利用，关系到国家粮食**和农业持续发展问题，面临的问题和挑战很多，需要各级农业部门认真对待，改变农民“大水大肥”和“撒施表施”的传统施肥习惯，需要一个漫长过程，各级农业部门应有长期作战的思想准备。
基于GIS的测土配方施肥查询机将触摸屏多媒体电脑与测土配方施肥信息查询系统有机结合在一起。适用于耕地测土配方相关信息的查询和应用。根据提示点击触摸屏就可以查询到目标耕地的土壤类型、理化性状、养分含量及丰缺状况等土壤信息及多种作物的测土配方实施方案，并根据这些信息打印出《推荐施肥卡》进行决策，广泛应用于基层农技服务中。这些施肥方案不仅针对性强、科学合理、节本增效，还*大限度地减少了肥料浪费，保护了环境。