计算机引入红外光谱学后，差谱技术就成为一种常见的方法，目前生产的FTIR光谱仪几乎都带有差谱软件，并在一定程度上得到应用。红外差谱技术对于**的鉴定、定量测试及生产和储藏过程中的质量控制有较大帮助。
红外差谱技术的应用非常广泛，例如，包合物，一类有机晶体。其结构中含有两种结构单位，即包合物是由两种化合物组成的：一种是能将其他化合物囚禁在它的结构骨架空穴里的化合物，称为主体分子；另一种是被囚禁在包合剂结构的空穴或孔道中的化合物，称为客体分子。中国药典1995年版收载的此类**的红外光谱仍为整个包合物的红外光谱。由于包合物中主体和客体的分子比是不恒定的，故测得的包合物的红外光谱也不尽相同，不利于比较。
在实际操作中，红外差谱技术通常采用傅里叶变换红外光谱仪（FTIR）进行数据采集，并利用计算机软件进行差谱处理。例如，通过将混合物的红外光谱减去已知组分的红外光谱，可以得到纯组分的光谱图。这种方法不仅简化了样品预处理过程，还提高了分析效率和准确性。
**华法林钠是华法林钠与异丙醇或异丙醇和水的包合物，其中华法林钠、异丙醇和水的分子比在8：4：0与8：2：2之间变动，包合物主体红外光谱的测定，取包合物适量，用溴化钾压片法测得其红外吸收光谱，再取包合物的客体适量，用液体池法测得其红外吸收光谱，将前者与后者进行差谱，用计算机差谱软件操作，直至客体的吸收峰消失为止，便得包合物主体的红外光谱。在做华法林钠的差谱时，主要观察异丙醇在953cm－1和817cm－1处的吸收峰是否差减完全。
复方氨苄青霉素胶囊中氨苄青霉素三水物和邻氯青霉素钠的红外光谱的测定将胶囊内容物的红外光谱与邻氯青霉素钠对照品红外光谱进行差谱，直至对照品邻氯青霉素钠的吸收峰消失为止，便得氨苄青霉素三水物的红外光谱，主要观察邻氯青霉素钠在3363、666、1659、1412、1248、1060、771、546cm－1处的吸收峰是否差减完全。
在实验过程中，首先必须保持仪器与实验条件的稳定。如果仪器不稳定，会造成光谱基线的漂移、吸收峰波长微小位移或信噪比差，导致差谱结果不理想。布鲁克公司研发的傅里叶变换红外光谱仪ALPHAII是一款非常紧凑的FT-IR光谱仪，用于快速、简单和可靠的红外分析。其硬件和软件的设计高度集成，可实现直观和舒适的操作。所有光谱仪组件均专为持续可用性和较长使用寿命而设计。布鲁克的长久准直的RockSolid干涉仪和可靠的二极管激光器保证了准确和精密的数据采集。
在用计算机差谱软件进行差谱处理时，一边观察上述提到的各主要峰是否差减完全，还要**考虑整个光谱的差减质量，不能出现负峰或基线的倾斜。在进行差谱之前，应尽量不要对各光谱进行其它方面的处理，如基线校正、平滑光谱等处理，以免使光谱失真。只要注意到各影响因素，就能得到满意的差谱结果。