微生物分类
微生物分类 (上海缔伦光学）
形态特征
（1）个体形态 镜检细胞形状、大小、排列，革兰氏染色反应，运动性，鞭毛位置、数目，芽孢有无、形状和部位，荚膜，细胞内含物；放线菌和**的菌丝结构，孢子丝、孢子囊或孢子穗的形状和结构，孢子的形状、大小、颜色及表面特征等。
培养特征
1）在固体培养基平板上的菌落（colony）和斜面上的菌苔（lawn）性状（形状、光泽、透明度、颜色、质地等）；
2）在半固体培养基中穿刺接种培养的生长情况；
3）在液体培养基中混浊程度，液面有无菌膜、菌环，管底有无絮状沉淀，培养液颜色等。
生理生化特征
（1）能量代谢 利用光能还是化学能；
（2）对氧气的要求 专性好氧、微需氧、兼性厌氧及专性厌氧等；
（2）营养和代谢特性 所需碳源、氮源的种类，有无特殊营养需要，存在的酶的种类等。
生态习性
生长温度，酸碱度，嗜盐性，致病性，寄生、共生关系等。
血清学反应
用已知菌种、型或菌株制成抗血清，然后根据它们与待鉴定微生物是否发生特异性的血清学反应，来确定未知菌种、型或菌株。
噬菌反应
菌体的寄生有专一性，在有敏感菌的平板上产生噬菌斑，斑的形状和大小可作为鉴定的依据；在液体培养中，噬菌体的侵染液由混浊变为澄清。噬菌体寄生的专业性有差别，寄生范围广的谓多价噬菌体，能侵染同一属的多种**；单价噬菌体只侵染同一种的**；极端专业化的噬菌体甚至只对同一种菌的某一菌株有侵染力，故可寻找适当专化的噬菌体作为鉴定各种**的生物试剂。
细胞壁成分
革兰氏阳性**的细胞壁含肽聚糖多，脂类少。革兰阴性**与之相反。链霉菌属（Streptomyces）的细胞壁含丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和2，6-氨基庚二酸，而含有阿拉伯糖是诺卡氏菌属（Nocardia）的特征。霉菌细胞壁则主要含几丁质。
红外吸收光谱
利用红外吸收谱技术测定微生物细胞的化学成分，了解微生物的化学性质，作为分类依据之一。
GC含量
生物遗传的物质基础是核酸，核酸组成上的异同反映生物之间的亲缘关系。就一种生物的DNA来说，它的碱基排列顺序是固定的。测定四种碱基中鸟嘌呤（G）和胞密啶（C）所占的摩尔百分比，就可了解各种微生物DNA分子不同源性程度。亲缘关系接近的微生物，它们的G+G含量相同或近似的两种微生物，不一定紧密相关，因为它们的DNA的四个碱基的排列顺序不一定相同。
DNA杂合率
要判断微生物之间的亲缘关系，须比较它们的DNA的碱基顺序，*常用的方法是DNA杂合法。其基本原理是DNA解链的可逆性和碱基配对的专一性。提取DNA并使之解链，再使互补的碱基重新配对结合成双链。根据能生成双链的情况，可测知杂合率。杂合率越高，表示两个DNA之间碱基顺序的相似越高，它们间的亲缘关系也就越近。
核糖体核糖酸（rRNA ）相关度
在DNA相关度低的菌株之间，rRNA同源性能显示它们的亲缘关系。Rrna-DNA分子杂交试验可测定Rrna的相关度，揭示Rrna 的同源性。
rRNA的碱基顺序
RNA的碱基顺序由DNA转录来的，故完全具有相对应的关系。提取并分离**内标记的16SrRNA,以核糖核酸消化，可获得各种寡核苷酸，测定这些寡核苷酸上的碱基顺序，可作为**分类学的一种标记。
核糖体蛋白的组成分析
分离被测**的30S和50S核糖体蛋白亚单位，比较其中所含核糖体蛋白的种类及其含量，可将被鉴定的菌株分为若干类群，并绘制系统发生图。
编辑本段微生物的分类系统这里仅简述原核微生物和真核微生物的分纲体系。
原核生物界（Procaryotae）
（1） 光能营养原核生物门
Ⅰ 蓝绿光合**纲（蓝**类）
Ⅱ 红色光合**纲
Ⅲ 绿色光合**纲
（2）化能营养原核生物门
Ⅰ **纲
Ⅱ 立克次氏体纲
Ⅲ 柔膜体纲
Ⅳ 古**纲
真核微生物（Eucaryotic microbes）
真核策生物主要包括各类**，还有粘菌等。
**划分各能分类单位的基本原则是以形态特征为主，生理生化、细胞化学和生态等特征为辅。丝状**主要根据其孢子产生的方法和孢子本身的特征，以及培养特征来划分各级的分类单位。一些病原**的鉴定，寄生和症状也可作为参考依据。**可分以下四纲：
Ⅰ 藻状菌纲 菌丝体无分隔，含多个核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
Ⅱ 子囊菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成子囊孢子。
Ⅲ 担子菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成担孢子。
Ⅳ 半知菌纲 包括一切只发现无性世代未发现有性阶段的**。
粘菌也可分为四纲，即
Ⅰ 网粘菌纲 自细胞两端各自伸出长的粘丝并接连形成粘质的网络——假原质团。
Ⅱ 集胞粘菌纲 分泌集胞粘菌素，形成假原质团。
Ⅲ 粘菌纲 形成原质团，腐生性自由生活。
Ⅳ 根肿病菌纲 形成原质团，专性寄生。亦有将之归于**类。