在有颜色差异的试样的观察条件下，LED色共焦显微镜避免了激光共焦显微镜产生的同相异色，同色异相的现象发生，观察者可以通过颜色，分辨和判断试样的成分和组织。激光扫描共焦显微镜的照明光源是激光，即单色光。其实际成像过程是根据被观察物体对该单色激光的反射光的强弱来成像的。在这种条件下，真实色共焦显微镜的分辨率高于激光扫描共焦显微镜。在单色试样的观察条件下，分辨率才接近各自的技术指标。然而，在实际观察的试样中，绝大多数不同的组织和成分都是有颜色差异的。由于是单色光照明，不能分辨颜色，对于在同一试样的同一视场内，颜色不同，但对该单色激光反射光强度相同的不同组织或成分不能分辨。对应于没有颜色差异或颜色差异小的试样，提高图像的分辨能力。在这一方面，激光扫描共焦显微镜是无能为力的。