含藻原水进入净水厂后，会使水质发生变化，从而干扰水处理，对制水生产工艺、药耗以及构筑物池壁都会产生极大的不利影响，主要表现在以下几个方面。
1、对混凝的影响。在光和作用下，水中pH值升高，且由于藻类作用，溶解氧增加，矾花密度降低，沉淀去除率下降，导致需要投加的混凝剂增多，高藻水的处理需要消耗大量的混凝剂。此外，部分藻细胞易穿透絮凝体，破坏絮凝过程，导致出水有藻类污染物。
2、干扰过滤。藻类物质在滤池中可大量繁殖，会使滤料层堵塞，从而缩短过滤周期，导致反冲洗水用量增加，反洗频率加大，实际用水产量下降并影响出水水质。
3、对构筑物的影响。藻类细胞成层成黏质物，附在混凝土池壁表面，形成一层润滑层，既影响制水过程中的感官质量，又增加了洗池的频率和费用以及工人的劳动强度。另外，藻类对藻类混凝土池壁构成很大威胁，如长沙三水厂构筑物池壁由于藻类物质的长期腐蚀，至使池壁老化，反过来又给藻类物质的寄生繁殖、水垢青苔的附着生长，提供了有利的栖息场所。（生物黏泥的组成，主要是微生物、微生物代谢产物和水中悬浮物等。）
4、藻类致臭。藻类所分泌的臭味物质导致饮用水出现异味，水中藻细胞数量的增大也增加了氯的使用量，当水处理只氧化剂使用量较低时，不仅无法消除臭味的影响，有时还会和一些臭味有机物反应生成新的致臭物质。
藻类在代谢过程中易产生三卤甲烷的前驱物质，三卤甲烷是对人体具有潜在危害的致癌性物质。部分藻类在代谢过程或死亡后释放藻**，对生物体造成毒性和危害，常规的水处理工艺对**中常见而且危害较大肝**难于去除。藻类所产生的有机物质易造成微生物在水供给系统中重新生长。