3我国种子市场与成熟市场的差距
我国种业尚属发展的起步阶段，与国外成熟种子市场相比，仍存在诸多差距。
3．1 “育、繁、推”一体化经营水平依然很低
计划经济时期，我国实施国有科研单位育种，国有种子公司经营的体制，形成了育种资源高度集中于国有科研单位的局面，同时育种单位众多，条块分割又造成了育种资源相对分散。
目前我国育种资源仍主要集中在国有科研机构，种子企业多以产销为主。企业科研投入水平较低，种子企业的盈利主要用于生产、营销网络扩张、分红等方面。企业获取品种的方式主要是购买品种、合作研发，种子企业的发展缺乏稳定的品种支持，作为种业公司核心竞争力的提升依然处于缺位状态。
绝大部分中小规模的种子公司还未建立起稳定的生产基地，其销售的种子不仅数量不能满足，而且质量也难以保证。例如，在玉米种子生产的主要省份甘肃省，约40％的制种为代繁生产。科研机构兴办实体受制度安排限制、市场约束也难以实现规模化经营。
3．2行业供给过剩已成为市场运行特征之一
虽然我国种业的行业集中度有所提高，但目前依然存在众多中小规模的种子公司。大型公司的种子生产、销售计划性很强，调控产销平衡的能力也较强；但对于中小种子企业，由于农作物种子产销不同期，加之生产、销售信息不畅，这些公司的生产存在明显的博弈色彩，盲目生产必然过度竞争。近几年，玉米、水稻种子供给市场表现得尤为突出。此外，审定品种增多，进入市场速度加快，也加剧了市场供需矛盾。
3．3市场秩序和行业执法管理急需强化
在社会主义市场经济条件下，建立统一开放、竞争有序、公平公正的市场环境，是培育产业和谐、稳定发展的基本保证。国务院《意见》也明确要求，要消除影响种子市场公平竞争的制度障碍，促进种子企业公平竞争。
良种补贴政策作为政府的一项惠农政策，体现了政府对农民的关心。但由于具体执行过程中的偏差，在品种的选择、购买主体的定位、操作的公平公正等方面出现了一些问题，这些问题将可能影响已经初步建立的种业市场秩序的健康和谐发展，*终将伤害农业产业本身，应引起有关部门的高度重视。
政府行政权力过大，尤其是地方政府过度寻求市场经济行政权力，造成地方主义保护盛行，阻碍规模农业企业的发展和建立。
大型种子公司主推品种种植面积较大，农民认知度高，因此往往成为假冒的主要对象。企业维权的成效主要依靠侵权所在地区执法部门的支持，但一些地方政府出于保护本地种子企业利益的考虑，袒护违规侵权单位，行政不作为。侵权种子不仅对热销的优良品种带来冲击，也成为局部区域农业生产的不稳定因素。