在为洁净室选择工业真空吸尘器时，很多人并没有意识到真空过滤系统的重要性。其实你真正需要的是超级过滤器而不是真空吸尘器，而且因为现有真空吸尘器的过滤系统之间的差别很大，所以在选择符合自己要求的吸尘器时，必须搞清楚自己到底需要什么。
首先，所有在洁净室中使用的真空吸尘器都必须具备HEPA过滤功能，保证过滤掉99.97%尺寸低达0.3微米的粒子。此外，HEPA过滤器必须装在马达后面、过滤排出来的气流，这一点非常重要。马达的换向器和碳刷会产生灰尘，而且如果排放出去的气流没有经过过滤，灰尘将直接进入洁净室环境。
请注意：不是所有的HEPA过滤系统都一样。例如，多步分级的过滤系统使用一系列越来越越精密的过滤器，它们能够在微粒穿过吸尘器时捕获微粒。*大的粒子可以用比较普通的过滤器来捕获，而要想捕获更微小的粒子则要使用比较精密的HEPA过滤器。这种多级系统可以保护HEPA过滤器不会阻塞和过度磨损，保持*佳性能。（一旦配上ULPA过滤器，系统可以过滤所有超小粒子，*小为0.12微米，效率高达99.999%）。此外，如果你的吸尘器过滤系统使用的是特大号的过滤器，因通过较大表面积而放慢了气流的速度，从而优化了气布比。这样，吸尘器即使在超过正常的使用期之后也可以轻松地吸取体积较大的碎片而不需要很多的维护保养。
除了这些过滤系统，在洁净室中使用的吸尘器*好使用不会产生微粒的材料制造。例如，使用配有平滑的软管和连接件的无孔不锈钢吸尘器，工作人员就可以用抹布迅速地擦拭和清洁设备，更快、更简单地完成清洁和确认。虽然许多吸尘器可以耐受压热作用，但是在进行这个项目之前必须让吸尘器制造商先确认一下，否则，有可能会损坏设备。
在购买真空吸尘器时还必须考虑到溢出响应。至少有一个吸尘器可以进行干、湿两种作业。