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新型立体显微镜可以更加细致地研究染色体和其它细胞组成部件是如何在细胞空间里分布的，甚至还能区别DNA片段中哪些是活跃基因哪些是非活跃基因，这对研究衰老和**很有帮助。

一种新型的立体显微镜能够展示高清晰度、多色彩的三维画面，它比以前用的传统显微镜能揭示出更多的细节。此技术能区别细胞内彩色立体的组成结构，捕捉多色彩的三维立体细胞的画面，甚至能够给细胞不同的成份标记上不同的颜色。即使它们只相隔100纳米远，也能分别得清楚。

光学显微镜具有衍射局限性，其清晰度通常不足大约一半的可见光光波长度，约200纳米。如果二个物体靠近的距离小于这一数字，它们就无法将它们彼此识别出来。而使用更短波长的电子显微镜能看到更加细微的物体，但只限于黑白图像，且只能观察既薄又小的样本。

三维结构照明显微镜的原理是通过提取这些细微样本制造的干涉图，在电脑的帮助下重建其图像，即使在样本形状不能直接显现的情况下，此显微镜也能提取其形状有关的信息。然而，这些干涉图确实包含有价值的信息，“在数学和电脑的帮助下，我们能利用这个来重建其图像。”

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