核糖体RNA是与核糖体蛋白结合的RNA分子,可使遗传信息得以表达,转译成蛋白质,因此可以想像这些分子具有作为种系发生的指标所必不可少的性质。在相当长的进化过程中,rRNA分子的功能几乎保持恒定,而且其分子排列顺序有些部位变化非常缓慢,以致保留了古老祖先的一些序列。也就是说,从这种排列顺序可以检测出种系发生上的深远关系。rRNA结构既具有保守性,又具有高变性。保守性能够反映生物物种的亲缘关系,为系统发育重建提供线索;高变性则能揭示出生物物种的特征核酸序列,是属种鉴定的分子基础。