FFU风机过滤单元系统比较复杂，控制的方式也是多种多样的，其中有计算机群控、多档开关控制、遥控控制等多种方法，具体的使用还要根据洁净厂房中央空调系统、FFU的数量等进行综合的考虑，以选择经济、合理的控制方式，为用户提供好的使用方案。这三种控制方式都有它们各自的优缺点，现在就让我们来一一分析一下。
一、计算机群控
这种方法是基于设备的总线设计，采用主机转换接口，从主路由器至从路由器，再到FFU控制模块的四层结构，其中主控多可控制九台主路由器，每个主路由器则可以管理三十台从路由器，而从路由器的数量多不能超过两百台，每个从路由器可控制三十台的FFU控制模块。
这种控制方式的优点是容易控制、可以进行调速、能实现比较复杂的应用，同时还能实现对FFU的集中控制和监管，能实现分区、分系统的控制，并且这种方法还具有节能的效果。而它的缺点是结构比较复杂、调试难度大、成本大。
二、多档开关控制
这种方法指的是安装一个控制速度的开关和一个电源开关来实现对FFU的控制。它的优点是结构相对于比较简单、调速稳定、成本低;而缺点是控制起来很不方便。
三、遥控控制
这种方法是通过红外线等方法来传达微型风机的开关以及调速命令，从而实现对FFU的控制。它的优点也是结构比较简单、调速稳定、控制起来比较方便、成本较低;而缺点是电磁信号会使遥控受到干扰，导致执行错误的操作，因此这种方法使用的时候还是要根据环境来决定的。
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